Studia drugiego stopnia trwają 2 lata (4 semestry) i prowadzą do tytułu magistra sztuki. Absolwent posiada wiedzę teoretyczną oraz umiejętności wykwalifikowanego muzyka i nauczyciela w zakresie edukacji i animacji muzycznej. Ponadto, w zależności od ukończonego bloku przedmiotów fakultatywnych, absolwent posiada dodatkowe umiejętności (patrz poniżej). Absolwent posiada również określoną programem studiów wiedzę i umiejętności z zakresu psychologii ogólnej i muzycznej oraz pedagogiki ogólnej i muzycznej, wzbogacone zasobem wiedzy ogólno-humanistycznej.
- muzyka kościelna - zajęcia ukierunkowane są na praktykę instrumentalną w zakresie gry na organach oraz na specjalistyczne przygotowanie teoretyczne. Student zapoznaje się z zasadami śpiewu liturgicznego (chorał gregoriański) oraz z ogólną problematyką dotyczącą prawodawstwa kościelnego, propedeutyki teologii i oprawy liturgicznej. Absolwent uzyskuje kwalifikacje do realizacji muzycznej oprawy liturgii w kościele rzymsko-katolickim.
- marketing w kulturze muzycznej - program bloku zawiera przedmioty obejmujące m.in. formalno-prawne podstawy działalności kulturalnej, uwarunkowania funkcjonowania rynku kultury, prowadzenie placówek kultury i instytucji muzycznych, projektowanie, organizację i promocję przedsięwzięć muzycznych. Absolwent jest przygotowany do różnorodnej działalności w obszarze kultury muzycznej, kierowania placówkami kultury, promocji muzyki i kultury w ramach współczesnego rynku.
- prowadzenie zespołów wokalnych i wokalno-instrumentalnych - program bloku obejmuje: dyrygowanie, śpiew, specjalistyczną analizę działa muzycznego, czytanie partytur, metodykę prowadzenia chórów i zespołów wokalno-instrumentalnych w poszerzonym zakresie. Absolwent uzyskuje kwalifikacje dyrygenta zespołów wokalnych i wokalno-instrumentalnych w amatorskim i zawodowym ruchu muzycznym.
- edukacja muzyczna - w programie bloku uwzględniono następujące przedmioty: upowszechnianie kultury muzycznej, animacja ruchu i tańca, warsztaty Orffa, Dalcroze'a, Gordona. Absolwent poszerza swe umiejętności przydatne w pracy w szkolnictwie ogólnokształcącym oraz w placówkach pozaszkolnych.
- muzyka jazzowa - program bloku przewiduje następujące przedmioty: harmonię jazzową, improwizację, aranżację oraz podstawy literatury i historii jazzu. Absolwent jest przygotowany do indywidualnej pracy twórczej w zakresie aranżacji i kompozycji jazzowej, do prowadzenia zajęć dydaktycznych w placówkach kulturalno-oświatowych i działalności w zakresie upowszechniania muzyki jazzowej.
- wprowadzenie do kompozycji i aranżacji - blok przewidziany jest dla studentów wykazujących szczególne uzdolnienia i zainteresowania rozwojem własnej twórczości muzycznej. Program specjalizacji obejmuje zagadnienia związane z twórczością kompozytorską i szeroko pojętą problematyką instrumentoznawczą i instrumentacyjną. Absolwent uzyskuje podstawową wiedzę i umiejętności w zakresie komponowania i opracowania utworów na zespoły instrumentalne, wokalne i wokalno-instrumentalne.